A kéttényezős hitelesítés további biztonsági réteget ad a Webmin-fióknak. Ha engedélyezve van, a felhasználónak meg kell adnia egy egyszeri hitelesítési tokent, amelyet általában egy alkalmazás, egy hardveres OTP-eszköz generál, vagy SMS-ben küld el. Ezen az oldalon választhat hitelesítési szolgáltatót a Webmin felhasználói számára a rendszeren. Ha engedélyezve van, minden felhasználó regisztrálhat kétfaktoros hitelesítésre a „Webmin Users” modulban. Az elérhető kéttényezős szolgáltatók a következők:
- TOTP hitelesítő
Ez egy asztali vagy okostelefon-alkalmazás, amely megvalósítja a szabványos TOTP protokollt. Minden felhasználónak be kell olvasnia egy QR-kódot az alkalmazás segítségével, hogy összekapcsolja tokenjeit a Webmin szerverrel. - Authy
Ez egy kereskedelmi szolgáltatás, amely okostelefonos alkalmazást és weboldalt biztosít a kétfaktoros felhasználók kezeléséhez. Minden felhasználónak létre kell hoznia egy fiókot az Authy webhelyén, és össze kell kapcsolnia okostelefonjával.